Національна служба здоров'я України
Відповідно до законодавства, НСЗУ забезпечує функціонування ЕСОЗ. Також НСЗУ є власником ЦБД, у тому числі майнових прав на програмне забезпечення. 

Основні функції НСЗУ щодо ЕСОЗ:
- визначення напрямків її розвитку;
- забезпечення впровадження нового функціоналу та інтеграції з іншими системами і реєстрами;
- управління даними в системі, ведення реєстрів системи;
- захист інформації, у тому числі персональних даних.

Міністерство охорони здоров'я України 
МОЗ формує політику в сфері охорони здоров’я (policymaker).
Основними повноваженнями МОЗ щодо ЕСОЗ є встановлення та затвердження правил роботи та функціонування ЕСОЗ. Зазначені повноваження реалізуються через прийняття та ініціювання прийняття нормативно-правових актів - законів, постанов та розпоряджень, наказів.

Адміністратор
Для підтримки функціонування ЕСОЗ важливою є функція адміністрування.  Адміністратор системи відповідальний за забезпечення безперебійної роботи ЦБД, здійснення технічної підтримки системи, взаємодію з МІС щодо їх роботи з ЦБД. На сьогодні функцію адміністрування виконує ДП “Електронне здоров’я”.

Медичні інформаційні системи (МІС)
МІС надають сервіси для кінцевих користувачів.
Саме в МІС розміщені електронні кабінети лікарів, пацієнтів, менеджерів закладів. Через МІС здійснюється робота цих користувачів з ЦБД ЕСОЗ. МІС обирають відповідно до потреб користувачів та функціоналу, який він надає. При виборі медичної інформаційної системи доцільно обрати декілька МІС для порівняння, запитати презентації функціоналу від них, дізнатися рівень технічної та юридичної підтримки і вже після цього приймати рішення про вибір. Актуальна інформація про МІС, які підключені до ЕСОЗ та яким функціоналом вони володіють, розміщується на сайті адміністратора.